Ces missions sont classées par catégories et groupes. Pour faciliter les raccourcis entre missions liées, nous utiliserons la convention suivante. Il existe 10 catégories, numérotées de 1 à 10. Le niveau suivant concerne les groupe, qui seront numérotés dans l'ordre où ils apparaissent dans le menu du jeu. Enfin, chaque groupe contient 1 à 6 missions, également numérotés dans l'ordre. Par exemple, la mission 1-2-3, correspond à la première catégorie, deuxième groupe (“Département rival”) et 3ème mission (“Troisième défi”). Pour voir leur description, leur obtention, et les objets à gagner, cliquez sur les liens ci-dessous :

• 1. Cie Shinra - Fournisseur d'énergie
  
• 2. Projet de recherche sur les monstres
  
• 3. Forces de Génésis
  
• 4. Mettre fin à la guerre contre le Wutai
  
• 5. Laboratoire d'Hojo
  
• 6. Recherche d'objets précieux
  
• 7. Recherche d'objets rares
  
• 8. Zack le chasseur de matérias
  
• 9. ???
  
• 10. Mystères du monde